Systém ETO-Abator dokáže zpracovávat ETO z výfuku sterilizátoru, ale zpracovává také vzduch vycházející z aerační komory. V takovém případě by měl být v provozu nepřetržitě 24 hodin denně, 365 dní v roce. V tomto provozním režimu lze do systému kdykoli přivádět výfukový plyn ETO, pokud průtok ETO nepřekročí maximální jmenovitou hodnotu jednotky a pokud je průtok na projektované hodnotě.
